企业扣公积金的方式如下：
代扣代缴
企业在每个月工资发放时，会扣除职工相应的公积金缴纳金额，并与企业应缴纳的公积金金额一起汇总，然后通过银行转账等方式缴纳至公积金管理中心。
确定缴纳比例
企业需要按照当地的规定，确定员工和企业的公积金缴费比例。一般员工缴纳比例为6%至12%，企业缴纳比例为8%至12%。
登录公积金管理系统
企业可以通过当地住房公积金管理中心的网站或者手机App，登录公积金管理系统，进行缴费操作。
缴纳公积金
企业需要在规定的时间内，将员工的公积金缴纳至当地的住房公积金管理中心，并按照要求提交缴纳证明和申报材料。
办理缴存登记手续
单位需要向当地住房公积金中心提交职工资料办理缴存登记手续，并在账户设立成功后，按照相关规定缴存公积金。
提供相关资料
在扣款和缴纳公积金时，企业需要提供员工的身份证、户口簿、婚姻状况证明、工作证明和银行卡等相关资料。
总结：
企业扣公积金主要通过代扣代缴的方式进行，企业需要确定公积金缴纳比例，登录公积金管理系统进行操作，并在规定时间内完成缴纳。同时，企业需要提供员工的相关资料并办理缴存登记手续。